ശ്രീ ഭഗവതിയുടെ പേരിലാണ് ക്ഷേത്രം അറിയപ്പെടുന്നതെങ്കിലും ക്ഷേത്രാധിപനും ദേശനാഥനും "ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി"യാണ്. ഷഡാധാര പ്രതിഷ്ഠയോടു കൂടിയ ഈ ക്ഷേത്രത്തിൻറ്റെ എല്ലാ ഭാഗങ്ങളും തകർക്കപ്പെടുകയോ നശിച്ചുപോവുകയോ ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ശ്രീ കോവിൽ മാത്രമേ ഇപ്പോൾ ബാക്കിയുള്ളൂ.ഏതാണ്ട് ആയിരത്തിലധികം വർഷത്തെ പഴക്കം കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു.ബിംബവും പീഠവും തകർക്കപ്പെട്ട നിലയിൽ തന്നെയാണ് ഇപ്പോഴും ഉള്ളത്.അതുകൊണ്ട് തന്നെ ക്ഷേത്ര ചൈതന്യം ക്ഷയിക്കുകയും പൂജാകാര്യങ്ങൾ പോലും വേണ്ട വിധം നടക്കാതിരിക്കുകയും ചെയ്തു. നിത്യ പൂജകളും നിവേദ്യങ്ങളും മറ്റും ഭഗവതി ക്ഷേത്രത്തിൽ മാത്രം ചെയ്യുന്ന സ്ഥിതിവിശേഷം വന്നുചേരുകയും ദേവി ചൈതന്യം ക്ഷയിക്കാതെ നിലനിന്നു വന്ന സാഹചര്യത്തിൽ ക്ഷേത്രം ശ്രീ ഭഗവതിയുടെ പേരിൽ അറിയപ്പെടാനിടയായി. ക്ഷേത്രാധിപനായ ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമിയുടെ ശ്രീകോവിലും മറ്റുഭാഗങ്ങളും പുനരുദ്ധാരണ ശേഷം പുനഃപ്രതിഷ്ഠ നടത്താനുള്ള കാര്യങ്ങൾക്കാണ് ഒന്നാം ഘട്ടമെന്നനിലയിൽ ഇപ്പോൾ ക്ഷേത്രകമ്മറ്റി തീരുമാനിച്ചിട്ടുള്ളത്.അതിൻറെ ഭാഗമായി ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമിയുടെ ബിംബം ബാലാലയത്തിലേക്ക് മാറ്റി പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്. ബിംബവും, പീഠവും, സോപാനവും, പൂർണ്ണമായും മാറ്റേണ്ടതും മൂന്ന് വർഷത്തിനുള്ളിൽ പുനഃപ്രതിഷ്ഠ നടത്തേണ്ടതുമായ വളരെ പ്രധാനപ്പെട്ട പ്രവർത്തനവുമായിട്ടാണ് കമ്മിറ്റി മുന്നോട്ടുപോകുന്നത്.
പ്രധാന ദേവനായ ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിൻറ്റെ ചുറ്റമ്പലത്തിന്റ്റെ പുറത്ത് കന്നിരാശിയിൽ ശ്രീ ഭഗവതിയുടെ ക്ഷേത്രംകിഴക്ക് ദർശനമായി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. ദുർഗ്ഗാഭഗവതി സങ്കൽപത്തിലാണ് ഇവിടെ ആരാധന നടത്തിവരുന്നത്. ആദിമകാലത്ത് ഈ ക്ഷേത്രംപടിഞ്ഞാറ് ദർശനമായിട്ടായിരുന്നു. പണ്ട് കാലത്ത് ഈ ക്ഷേത്രത്തിൽ കളമെഴുത്തും പാട്ടും നടത്തി ആരാധിച്ചു വന്നതായിപറയപ്പെടുന്നു. അതിനുവേണ്ടിയുള്ള പാട്ടുപുര ഇപ്പോഴും ഈ ക്ഷേത്രത്തിലുണ്ട്.
ശക്തി സ്വരൂപിണിയും സർവ്വാഭിഷ്ട വരദായിനിയുമായ അമ്മയുടെ പ്രതിഷ്ഠാദിനം വൃശ്ചിക മാസത്തിലെ കാർത്തിക നാളിലാണ്. അന്നേദിവസം കാർത്തിക വിളക്ക് ഉത്സവമായി ആഘോഷിക്കുന്നു.കൂടാതെ നവരാത്രി കാലത്ത് വിശേഷാൽ പൂജയും വിദ്യാരംഭവും നടത്തിവരുന്നുണ്ട്. ശ്രീ ഭഗവതിയുടെ ശ്രീ കോവിൽ 1996 ൽ ജീർണ്ണോദ്ധാരണം നടത്തി കാട്ടുമാടം തന്ത്രിയുടെ മുഖ്യ കാർമികത്വത്തിൽ ബിംബ ശുദ്ധിവരുത്തി ആരാധന നടത്തിവരുന്നു. പാട്ടുപുരയും ക്ഷേത്രത്തിൻറ്റെ മറ്റു ഭാഗങ്ങളും കാലപ്പഴക്കത്താൽ ജീർണ്ണാവസ്ഥയിലാണ്. ഇതും പുനർനിർമിക്കേണ്ടതായുണ്ട്.
മൂന്ന് പ്രധാന ദേവീദേവന്മാർ (ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യൻ, ശ്രീ ഭഗവതി, ശ്രീ ധർമശാസ്താവ്) കൂടാതെ ശ്രീ ഗണപതി, ശ്രീകൃഷ്ണൻ, യക്ഷൻ, യക്ഷി, നാഗം തുടങ്ങിയ ദേവസാനിധ്യങ്ങളും ഈ ക്ഷേത്ര സമുച്ചയത്തിൽ കുടികൊള്ളുന്നു.
ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിൻറ്റെ ചുറ്റമ്പലത്തിന് പുറത്ത് തെക്ക് ഭാഗത്ത് കിഴക്ക് ദർശനമായി ശ്രീ ധർമ്മ ശാസ്താവിന്റ്റെ ക്ഷേത്രംനിലകൊള്ളുന്നു. ഷഡാധാര പ്രതിഷ്ഠയോടു കൂടിയ ഇത്രയും പഴക്കമുള്ള ക്ഷേത്രം നമ്മുടെ ജില്ലയിൽ തന്നെ അപൂർവ്വമായിട്ടേ കാണുന്നുള്ളൂ.ക്ഷേത്രത്തിൻറ്റെ എല്ലാ സ്ഥാനങ്ങളും തകർന്ന് പോവുകയോ, തകർക്കപ്പെടുകയോ ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ശ്രീ കോവിൽ പൂർണ്ണമായും നശിച്ചുപോയത്കൊണ്ട് താത്കാലികമായി മേൽക്കൂര നിർമ്മിച്ചാണ് ഇപ്പോൾ ആരാധന നടത്തുന്നത്. എത്ര കണ്ടാലും മതിവരാത്ത ഈ ദേവ വിഗ്രഹവുംക്ഷേത്രവും പുനർനിർമിച്ചിട്ട് ചൈതന്യവത്താക്കേണ്ടതുണ്ട്. മണ്ഡല കാലത്ത് അന്യ നാട്ടിൽ നിന്നും നിരവധി അയ്യപ്പഭക്തന്മാർ ഈക്ഷേത്രത്തിൽ ദർശനം നടത്തി സായൂജ്യമടയുന്നു.